Институттың басым ғылыми бағыттары:
- Қазақтардың этногенез және этникалық тарихының келелі мәселелері
- Этнография және қазақ қоғамының материалдық мәдениеті мен тұрмысын қалпына келтіру
- Этникалық антропология
- Қазақстанның ортағасырлық кезеңіндегі тарихы, тарихнамасы мен деректану
- Қазақстан тарихының методологиясы, тарихнамасы мен деректану мәселелері
- Қазақ халқының ұлт-азаттық көтерілістері
- Ұлттық мемлекетілік және ұлттық қауіпсіздік тарихының мәселелері
- Кеңестік кезеңдегі Қазақстан тарихы
- ХІХ-ХХ ғасырлардағы Қазақстанның әлеуметтік-демографиялық дамуы
- Қыпшақтану
- ХХ ғасырдағы Қазақстан тарихындағы әлеуметтік-саяси және экономикалық дамудың келелеі мәселелері
- Тарихи зерттеулерде сандық әдістер мен компьютерлік технологияны қолдану