Институттың ғылыми-зерттеу жұмыстарының басым бағыттары:
ҚР БҒМ Ғылым комитетінің Ш.Ш. Уәлиханов ат. Тарих және этнология институтында «Мәңгілік Ел» ғылыми негіздері (XXI ғасырдың білімі, гуманитарлық ғылымдар саласындағы іргелі және қолданбалы зерттеулер) басым бағыты бойынша зерттеулер жүргізіліп жатыр:
- 2018-2020 жж. гранттық қаржыландыру бойынша ғылыми жобалар:
- AP05131977 / «Қазіргі Қазақстан тарихнамасындағы мифты жасау үрдістер мен бұрмалаудың рухани жаңғыруға қауіпі ретінде», жетекшісі: т.ғ.д., проф. Ж.Б. Абылхожин;
- AP05132125 / «Қазақстанның ұлттық әскери құрылымдары соғыс майдандарында (1941-1945)», жетекшісі: т.ғ.к., доцент Қ.С. Алдажұманов;
- AP05132149 / «Қазақстан ескерткіштануы: теориялық, ғылыми- методикалық және қолданбалы мәселелері», жетекшісі: т.ғ.д., проф. С.Е. Әжіғали;
- AP05131886 / «Өзбекстандағы қазақтың киелі жерлері (Жалаңтөс батыр, Төле, Айтеке билердің қабірлері т.б.), пайда болуы, зерттелу тарихы, қазіргі кездегі жағдайы», жетекішісі: т.ғ.д., проф. А.У. Тоқтабай;
- AP05132948 / «АЛЖИР-де азап шеккен аналар тағдыры (1938-1953 жылдары)», жетекшісі: т.ғ.д., проф. А.И. Құдайбергенова;
- АР05136020 / «Қазақтың көшпелі қауымы: контекст, құрылымы, функциясы (ХVІІІ – ХХ ғ. басы)», жетекшісі: т.ғ.к., доц. Н. Әлімбай.
- 2018-2020 жж. нысаналы бағдарламалар:
- BR05236643 / БНҚ «Қазақстанның тарихи энциклопедиясы», жетекшісі: т.ғ.к., доц. С.К. Рүстемов (2018 ж. 15 наурыздан №181 келісімшарт);
- BR05236705 / БНҚ «Қазақстанның мемлекеттілік тарихындағы Алаш: идеялар, тағдырлар, мұрасы (қоғамның рухани жаңғыру негізінде)», жетекшісі: PhD доктор Қозыбаева М.М. (2018 ж. 15 наурыздан №182 келісімшарт)